Kolonoskopi güvenli bir işlemdir. Ancak zaman zaman işlem sırasında veya sonrasında olumsuz durumlar oluşabilmektedir.
- Kanama
- İltihaplanma
- Divertikül denilen kalın bağırsak duvarının dışa doğru fıtıklaşması
- Şiddetli karın ağrısı,
- İşlem sırasında kullanılan sakinleştiriciye olumsuz tepki
- Kolon veya rektum duvarında yırtılma (perforasyon)
- Kalp veya kan damarı hastalığı olan kişilerde sorunlara neden olabilir.