Ülserin özellikle tok karnına gelen, karnın üst kısmında kemirme ve yanma şeklinde ortaya çıkan bir ağrısı vardır. Özellikle öğün aralarında kendini daha çok gösteren ülser ağrıları, onikiparmak ülseri olan kişileri gecenin herhangi bir saatinde uyandırabilir türden şiddetlidir.