Akneniz anemisi, tedavi edilmediğinde her hastalıkta olduğu gibi çeşitli sorunlara neden olabilir. Erken tanının geciktiği durumlarda Akdeniz anemisi olan kişilerde karaciğer ve kalp yetmezliği görülebilir. Bunların yanında bağışıklık sisteminin düşmesiyle enfeksiyonlara yatkınlık ortaya çıkar.