Cerrahi, fistül tedavisinin temelini oluşturur. Ancak doğru yöntemin seçilmesi çok önemlidir. Çünkü cerrahi tedavinin amacı fistülü ortadan kaldırırken gaz ve dışkı tutma fonksiyonunu korumaktır. Fistülün tipine göre uygulanan cerrahi yöntemler; fistülotomi, gevşek seton uygulanması, fistülektomi + sfinkter onarımı, LIFT yöntemi, kaydırma flepleri, modifiye Hanley prosedürü, fibrin yapıştırıcılardır.
