Atriyal septal defektlerin birçoğu çocukluk döneminde kendi kendine kapanabilir. Kapanmayan bazı küçük atriyal septal defektler ise genellikle tedavi gerektirmeyebilir. Ancak kalıcı ve büyük atriyal septal defektlerin tedavisi edilmesi gerekir. Bu tedavideki amaç kalp içindeki deliğin kapatılmasıdır. Atriyal septal defektin kapatılması için iki temel yöntem bulunur. Bunlardan biri anjiyo, diğeri ise deliğin kapatılması için ameliyattır.