Asperger sendromunda antidepresan, antipsikotik ilaçlar ile dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğunda kullanılan dikkat uyarıcı ilaçlar kullanılabilmektedir. Antidepresan ilaçlar, takıntılar, depresyon ve kaygı ile ilgili belirtilerde kullanılırken; Antipsikotik ilaçlar, tekrarlayan hareketler ve davranış kontrolünde faydalı olmaktadır. Dikkat uyarıcı ilaçlar da dikkat eksikliği ve hiperaktivite eşlik ediyorsa çocuklara önerilmektedir.