Atriyal septal defekt rahatsızlığında iki temel tedavi seçeneği bulunmaktadır. Bu seçenekler anjiyo ve ameliyattır. Anjiyo ile kapatılma sırasında kasıktan damarlara girilip kalbe ulaşılır. İşlem sırasında kasıktaki damarlarda hasar ortaya çıkabilir. Bu işlem sırasında kullanılan malzemeler ve teller kalbe hasar verebilir. Deliğin kapatılması için kullanılan cihaz yerine tam oturmayabilir. Yerinden kayabilir ve başka bölgelere gidebilir. Bu problemler oldukça nadir görülen problemlerdir.
Ameliyat ile kapatılma işleminde ise diğer kalp ameliyatlarında karşılaşabilecek benzer problemler yaşanabilir. Ameliyat için kalp ve akciğer makinesı kullanılır. Hastalarda enfeksiyon, kanama, değişik derecelerde felç geçirme, ameliyat sonrası uyanmakta zorlanma gibi problemler görülebilir. Bu problemlerin görülme oranı oldukça düşüktür (genelde yüzde birden daha az).
Ameliyat ile kapatılma işleminde ise diğer kalp ameliyatlarında karşılaşabilecek benzer problemler yaşanabilir. Ameliyat için kalp ve akciğer makinesı kullanılır. Hastalarda enfeksiyon, kanama, değişik derecelerde felç geçirme, ameliyat sonrası uyanmakta zorlanma gibi problemler görülebilir. Bu problemlerin görülme oranı oldukça düşüktür (genelde yüzde birden daha az).