Uygun tedavi edilmeyen alt idrar yolları enfeksiyonunun böbreklere ilerlemesi sonucunda böbrek iltihabı gelişmektedir. Böbreklere ulaşan enfeksiyon sonucunda hastada yüksek ateş, yan ağrısı, üşüme ve titreme gelişebilmektedir. Bu aşamada hastaneye yatırılarak uygun antibiyotik tedavisi başlanmalıdır. Tam tedavi edilmediği takdirde enfeksiyon kronikleşecektir ve sık sık böbrek iltihaplanması meydana gelecektir.