Her cerrahi işlemde olduğu gibi endoskopik sinüs cerrahisi (ESC) de bazı riskler taşır:
- Kanama
- Geçici veya kalıcı koku değişikliği
- Göz çevresinde morluk veya şişlik
- Nadiren göz çevresi yapılarında hasar
- Çok nadir olarak beyin omurilik sıvısı kaçağı
- Polip veya sinüzitin zamanla tekrarlaması
