ERCP, bu konuda uzman gastroenteroloji uzmanları tarafından yapıldığında riski çok düşük bir işlemdir. Düşük de olsa bazı komplikasyonları olabilir. Örneğin pankreas iltihaplanması, safra kesesi ya da kanallarının iltihaplanması görülebilir. Bazen safra kanalının açıldığı yerde genişletme amacıyla yapılan kesi sonucu kanama ve delinme nadir de olsa meydana gelebilir. Bu nedenle işlemi gerçekleştirecek uzman ve uygulamanın yapılacağı hastane çok önemlidir.
