Teknik olarak kapsül ağızdan anüse kadar tüm sindirim yol ağını görüntüleyebilir ancak faydalı görüntüleme alanı ince bağırsaklardır. Mide ve kalın bağırsak, ince bağırsaklara göre daha geniş bir lümene sahiptir ve kapsül buralardan hızlı geçer, yeterli miktarda resim çekemeyebilir.
Standart endoskopilerde doktor hava vererek bu organların açılmasını sağlar, kirli olan alanları yıkayarak daha iyi değerlendirebilir veya şüpheli alanlara farklı açılardan bakabilir. Ayrıca endoskopide hastalıkların kesin teşhisi için biyopsi alınması ve kanamanın durdurulması gibi birçok tedavi edici uygulamaların yapılabilmesi mümkün olabilir.
Kapsül endoskopi bu olanakların hiçbirisini sunamaz. Bu nedenle mide, yemek borusu, on iki parmak bağırsağı ve kalın bağırsak ile terminal ileum hastalıklarının teşhisinde endoskopi ve kolonoskopi yöntemleri çok daha üstündür.
Öte yandan ileri yaş veya yandaş hastalıklar nedeniyle standart endoskopik işlemlerin uygulanamadığı hastalarda kapsül endoskopi bu organların da görüntülenmesine katkı sağlayabilir.
Standart endoskopilerde doktor hava vererek bu organların açılmasını sağlar, kirli olan alanları yıkayarak daha iyi değerlendirebilir veya şüpheli alanlara farklı açılardan bakabilir. Ayrıca endoskopide hastalıkların kesin teşhisi için biyopsi alınması ve kanamanın durdurulması gibi birçok tedavi edici uygulamaların yapılabilmesi mümkün olabilir.
Kapsül endoskopi bu olanakların hiçbirisini sunamaz. Bu nedenle mide, yemek borusu, on iki parmak bağırsağı ve kalın bağırsak ile terminal ileum hastalıklarının teşhisinde endoskopi ve kolonoskopi yöntemleri çok daha üstündür.
Öte yandan ileri yaş veya yandaş hastalıklar nedeniyle standart endoskopik işlemlerin uygulanamadığı hastalarda kapsül endoskopi bu organların da görüntülenmesine katkı sağlayabilir.