Klinefelter sendromunda fazladan en az bir tane olan X kromozomu; %60 oranında anneden, %40 oranında ise babadan köken almaktadır. Bu durum genellikle ebeveynler tarafından taşıyıcılığı olan ve ebeveynlere yapılacak kan testleri ile farkedilebilecek bir durum değildir. Ebeveynlerden alınan fazla kromozom genellikle yumurta veya sperm hücreleri oluşurken meydana gelen bölünme hatasından kaynaklanır. Anneden kaynaklı olan fazla X kromozomu vakalarında, ileri anne yaşı (>35) hastalık için bir risk faktörü oluşturmaktadır. 33 yaşındaki bir annenin çocuğunda 47,XXY görülme ihtimali 1/2500 iken, 43 yaşındaki bir annenin çocuğunda bu ihtimal 1/300’e yükselmektedir. Aynı zamanda son çalışmalar gösteriyor ki; yaşlı babaların da spermlerinde fazladan X kromozomu olma ihtimali artmıştır ve bu da hastalık riskini artırabilmektedir.
