Her büyük cerrahi işlem gibi HIPEC uygulamasının da kendine has riskleri vardır. Ancak bu tehlikeli bir yöntemden ziyade uzmanlık gerektiren ileri düzey bir prosedürdür. Deneyimli cerrahi ekipler, modern anestezi teknikleri ve tam teşekküllü yoğun bakım ünitelerinin bulunduğu merkezlerde yapıldığında, komplikasyon riskleri minimize edilir. Aksine, bu yöntem uygun hastalarda yaşam süresini uzatan hayati bir fırsat olarak değerlendirilir.