Auto brewery sendromu, gastrointestinal hastalıklar ve mikrobiyom dengesizlik olduğunda ortay çıkar. Bu gibi durumlar ve faktörler auto brewery sendromunun oluşmasına zemin hazırlar. Bunun yanında aşağıdaki hastalıklar da bu sendromun oluşmasında önemli rol oynar:
- Crohn hastalığı
- İrritabl bağırsak sendromu (İBS)
- Kısa bağırsak sendromu
- Diyabet
- Obezite
- Zayıflamış bağırsak sendromu
