Balık pulu hastalığını kesin bir tedavisi bulunmamaktadır. Uygulanan tedaviler hastalığın ilerlemesini durdurmaya yönelik ya da yaşanan belirtileri hafifletmek içindir. Ancak sonradan edinilen balık pulu hastalığı (edilgen balık pulu hastalığı) altta yatan nedenin tedavi edilmesiyle geçebilmektedir.
