Bartholin kisti, küçük ise ve bir şikayet oluşturmuyorsa tedavi gerektirmeyebilir. Eğer bu bölgede kist büyüyorsa, tekrarlama durumu varsa tedavi gerekmektedir. Tedavi, kistin boyutuna, hastanın şikayetlerine ve apse oluşturup oluşturmamasına, enfeksiyona sebep olup olmamasına bağlı değişiklik gösterir. Tedavi seçenekleri arasında şunlar vardır:
Oturma banyoları
Üç ya da dört gün boyunca günde birkaç kez ılık suya oturmak, küçük, basit ve enfekte kistin kendi kendisine yırtılmasına veya boşalmasına yardımcı olabilir.
Cerrahi drenaj
Enfekte olmuş veya çok büyük bir kisti boşaltmak için ameliyat gerekebilir. Lokal veya genel anestezi altında bartholin kisti ameliyatı yapılabilir. Tıkanmış olan kanalların dışarı doğru açılması bir tedavi türüdür. Hasta operasyonla birlikte rahatlar. Ortalama bir hafta içinde de bartholin bezi eski yapısına döner. Diğer bir cerrahi seçenekse apse üzerine küçük bir delik açılıp, apse boşaltılarak ve bartholin bezinin içine gümüş nitrat konularak 2 gün beklenerek yapılır. Sonrasında bu gümüş nitrat çıkarılır. Ayrıca, kist ve apsenin tedavisinde Word kateter yöntemi de vardır. Burada apse veya kist küçük bir delikle açılır, içi boşaltılır, içeriye kateterin balon kısmı yerleştirilerek; bu balon şişirilir. Kateterin diğer ucu da vajene konulur. Bu kateter 1 ay civarında bu bölgede bırakılır, içerideki sıvı dışarı atılır. Bu da kist ve apsenin nüks oranını azaltan yöntemlerden biridir.
Antibiyotik
Tedavide bir yöntem de antibiyotiklerdir. Doktor eğer kistin enfekte olduğunu tespit ettiyse ve test sonucu cinsel yolla bulaşan bir enfeksiyonsa antibiyotik reçete edebilir. Ancak apse cerrahi yolla boşaltılırsa buna da ihtiyaç olmayabilir.