Sialendoskopinin komplikasyonları açık cerrahi ile kıyas kabul edilemeyecek kadar azdır. Bunlar nadiren görülse de aşağıdaki gibidir;
- Ağrı
- Şişlik
- Kanalda travma
- Tükürük fistülü
- Hastalığın tekrarlanması
- Dilde uyuşma