Kordon kisti ameliyatı sonucunda ortaya çıkan komplikasyonlar sıklıkla çok düşüktür ve nadir gözlenir. Bu komplikasyonlar şu şekilde sıralanabilir;
- Spermatik kortta cerrahi müdahale esnasında kopma durumunun meydana gelmesi.
- Ameliyat yerinde hematom oluşması
- Skrotum (torbada) meydana gelen hematom (Damar duvarındaki hasara bağlı olarak, kanın damardan uzaklaşıp farklı bir dokuda toplanması durumu)
- Testise giden, testisin beslenmesinden ve testisin kan dolaşımından sorumlu damar yapılarında zedelenme gözlenmesi ya da kopmalar meydana gelmesi.
- Cerrahi müdahale ile bağlanan kasık kanallarının yeniden açılması ya da hekimleri bu kanalı bağlamada sorun yaşaması ve kanalı bağlayamaması
- Yapılan cerrahi müdahaleye rağmen ameliyattan sonra kordon kistinin tekrarlaması
