Endometriozisin kesin nedeni halen bilinmemektedir. Bu konuda en yaygın kabul gören teori, adet kanamaları sırasında rahim içindeki dokuların kadının tüplerinden geçerek karın boşluğuna yerleşmesi ve burada gelişimini sürdürmesidir. Bağışıklık sisteminin de buna izin verecek şekilde normalden farklılık gösterdiği düşünülmektedir.
