Çikolata kistinin doğrudan bağlı olduğu sebepler yoktur ancak riski artıran faktörler bulunmaktadır. Bunların başında genetik ve çevresel faktörler gelmektedir. Ayrıca zayıf bağışıklık sistemi, adet kanının karın boşluğuna akması, doku farklılaşması gibi birçok farklı nedene bağlı olarak da gelişebilmektedir.
