Huzursuz bağırsak sendromunun kronikleşmesi durumunda ciddi kilo kaybı, demir eksikliği anemisi, yutma güçlüğü, rektal kanama ve gece ishal görülebilir. Bu durum ilerlerse kalın bağırsak kanserine neden olabilmektedir. Bu yüzden bu semptomlar yaşandığında uzman doktora başvurmak gerekir.
