Sistoskopi uygulamasının en yaygın nedenlerinden biri idrarda kan görülmesidir. Bu kanamaya neden olabilecek durumlar sistoskopi ile araştırılabilir. Diğer bir yaygın uygulama ise idrar yolu kanserlerinin düzenli takibi içindir.
Ayrıca idrar yolu darlıkları, idrar yolu iltihapları ve tümörlerin tespitinde, prostat büyüklüğü, prostat tümörleri, mesane taşı, tümör ve iltihapları, iç idrar yolu tıkanıklıkları, idrar kaçırma sebeplerinin teşhisinde sistoskopi yapılabilmektedir.
İdrarda kan, idrar kaçırma, ağrılı idrara çıkma, aşırı aktif mesane, sonda takılamaması, sürekli olan idrar yolu enfeksiyonları, travmalar, yaralanmalar, yabancı cisim çıkarılması durumlarında üroloji uzmanı sistoskopiye başvurabilir. Mesane, prostat ve idrar yolu darlık hastalıklarında bazı durumları tedavi etmek için sistoskopi yapılabilir.