Pazara yada soğuk hava depolarına gönderilerek muhafaza edilmesi gerekmektedir. Biber tohumu yetiştirilip hasadı yapıldıktan sonra çok bekletilmeden muhafaza edilmektedir. Biberler genel olarak soğukta depolanmasında gerekmektedir. Taşınmasında, sıcaklık 8 derece ve bağıl nem % 90 veya 95 olması gerekmektedir. Depoda yeterli bir hava hareketi sağlanması gerekmektedir.
Kalın etli yeşil biberler dondurmaya dayanıklı gruplar arasına girmektedir. Çünkü, depolama koşullarına oldukça uygun olmaktadır. Biberler daha farklı amaçlarla kullanıldığından, dondurma işlemi için biberlerin kalın etli koyu yeşil renkli olması istenmektedir. Biberler çeşitli şekillerde işlenerek dondurulması yapılmaktadır.
Fabrikaya getirilen biberler, önce iyice yıkanır, ayıklanır ve iriliğine göre sınıflandırma yapılmaktadır. Biberler iyice yıkandıktan sonra ya bütün olarak veya 2-3 cm kalınlıkta kıyıldıktan sonra, kerevetlere yerleştirilip 65-70 °C’de sıcak hava akımında kurutulmaktadır. Bazı biber çeşitlerinin önceden tohum yuvalarının temizlenmesi gerekebilmektedir. Bu amaçla özel makinelerden yararlanılmaktadır.
Soğuk hava depolarında uzun süre depolama yapılması ürün kalitesi için uygun olmamaktadır. Ancak, en fazla uygun nemde ve sıcaklık koşullarında 2 ay kadar bir sürede depolama yapılması gerekmektedir. Uzun süreli depolama şartlarında ürün pazar değeri ve lezzet açısından uygun olmamaktadır. Ayrıca biberler tam anlamıyla olgunlaşıp kızardıktan sonra hasat edilmektedir. Bu nedenle birinci hasatta tam olgunluğa ulaşmamış biberler bitki üzerinde bırakılmaktadır. Daha sonrasında ikinci bir hasat daha yapılmaktadır.
