fMRG, normal ve hastalıklı beyin fonksiyonlarının anatomik olarak yerini belirlemede kullanılır. fMRG inme, travma ve bazı dejeneratijf beyin hastalıklarında kullanılsa da, günümüzde klinikte en sık beyin ameliyatları veya kranial alana uygulanacak diğer işlemler (radyoterapi, gama-knife tedavisi gibi) öncesinde beyinde yer alan hastalıklı alanın kritik fonksiyonel yapılarla olan ilişkisini belirlemede kullanılır.
Beyinde yer alan ve girişim uygulanacak hastalıklı doku (tümör, epileptik odak, damarsal lezyonlar gibi) ile konuşma, yürüme, el-kol-bacak hareket ve duyusal fonksiyonlarını sağlayan alanlar arasındaki ilişkisi saptanır. fMRG, beyin ameliyatının veya beynin diğer girişimsel tedavilerinin olası risklerini değerlendirmek ve en uygun tedavi yöntemini, yolunu belirleyebilmek için tercih edilen tanı yöntemidir.
Beyinde yer alan ve girişim uygulanacak hastalıklı doku (tümör, epileptik odak, damarsal lezyonlar gibi) ile konuşma, yürüme, el-kol-bacak hareket ve duyusal fonksiyonlarını sağlayan alanlar arasındaki ilişkisi saptanır. fMRG, beyin ameliyatının veya beynin diğer girişimsel tedavilerinin olası risklerini değerlendirmek ve en uygun tedavi yöntemini, yolunu belirleyebilmek için tercih edilen tanı yöntemidir.