Öncelikle hamile olma olasılığı olan kadın hastaların Kranial Fonksiyonel MR incelemesinden önce bu olasılığı gerekli gebelik testlerini yaptırarak kesinleştirmesi gerekir. Hamile kadınlar veya anne karnındaki bebekleri üzerinde herhangi bir olumsuz etkisi bildirilmemiştir. Ancak bununla birlikte, yapılacak işlemin yararı herhangi bir potansiyel riske göre ağır basmadığı sürece gebelerin ilk trimesterde(3 aylık hamilelik dönemi) fMRG çektirmesi önerilmez.