EPS çalışmaları genellikle güvenli ve avantajlıdır. Fakat bazı durumlarda risklerin ortaya çıkma ihtimali söz konusudur. Riskler hem işlem esnasında hem de işlemden sonra ortaya çıkabilir. Kateter yerleştirmek için giriş yapılan bölgede morarmalar meydana gelebilir.
Aynı zamanda bölgede kanama olabilir ya da ağrı hissi görülebilir. Bu durumlara genellikle nadir rastlanır. En nadir görülen durumlar arasında ise kalpte geçici ritim bozukluğu, kalp duvarında hasar oluşumu ve kalp zarında iltihaplanma yer alır.
Aynı zamanda bölgede kanama olabilir ya da ağrı hissi görülebilir. Bu durumlara genellikle nadir rastlanır. En nadir görülen durumlar arasında ise kalpte geçici ritim bozukluğu, kalp duvarında hasar oluşumu ve kalp zarında iltihaplanma yer alır.