EUS işlemi klasik endoskopiden farklı değildir. EUS hem üst (yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağı) hem de alt sindirim sisteminde (kalın bağırsak) uygulanabilir. Ortalama 30 dakika süren işlem sırasında hastaya uyku verici ve ağrı kesici ilaçlar verilir. İşlem kolay bir şekilde gerçekleştirilir. EUS işlemi için hastaneye ayaktan gelen hastalar genellikle işlem sonrasında birkaç saat dinlendikten sonra evlerine gönderilirler ve ertesi gün normal günlük yaşamlarına dönebilirler.
