- Yemek borusu kanseri, mide kanseri, rektum kanseri, safra yolu kanseri, pankreas kanseri tanısı, biyopsi alınması, kanserin erken evrede saptanması, ameliyat sonrası takipte nüks bulgularının araştırılması, rektum etrafındaki komşu organlarda (prostat, mesane, vajina) lenf bezlerinde ve damarlarda kanser tutulumunun incelenmesi ve tümörün derecesinin (T1, T2, T3, T4) belirlenmesi
- Sindirim sistemi kaynaklı yumuşak doku tümörleri, submukozal lezyonlar: Yemek borusu, mide, rektum gibi organların duvarlarından kaynaklanan tümörlerin saptanması gastrointestinal stromal tümör (GİST), leiomyoma vb. tümörlerin tespiti
- Karın içi lenf bezlerinden biyopsi alınması
- Anal fistül: Tanısı ve sınıflandırılması, fistülün makat kasları (anal sfinkter) ile ilişkisinin anlaşılması
- Gaz ve dışkı kaçırma: Anal kanal kaslarının kalınlığını ve durumunu değerlendirilmesi
- Pankreatit: Akut pankreatit olgularında, pankreas etrafındaki ‘’psödokist’’ adı verilen yalancı kist sıvısının ve nekrozlu dokuların (nekrotizan pankreatit durumunda) tespiti ve boşaltılması, kronik pankreatit durumunda pankreas organı ve kanalının değerlendirilmesi
- Pankreas kanserlerinde EUS ile ağrı tedavisi
- Karaciğerdeki kitlelerden biyopsi alınması
- Kanser nedeniyle tıkanan safra yollarının EUS eşliğinde mideye ya da ince bağırsağa boşaltılması veya stent takılması
